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Développer des outils pour les biologistes
Les développements les plus éloquents auxquels ait participé l'INRIA ont été menés dans le cadre du consortium Genostar créé en décembre 1999 et soutenu par le ministère de la recherche. Son objectif est de fournir aux biologistes une plate-forme de génomique exploratoire. Concrètement, cela doit leur permettre d'avoir à leur disposition, dans un même environnement informatique, des méthodes de différentes natures pour pouvoir exploiter au mieux leurs données : les classer, les croiser, les analyser, les traiter, les visualiser.
Genostar associe l'INRIA (projet HELIX, Grenoble, voir Fiche 1), l'Institut Pasteur (Paris) et les sociétés Hybrigenics (Paris) et GENOME express (Grenoble). La plate forme comprend trois modules qui permettent d'identifier automatiquement des séquences du génome, en particulier la position des gènes de bactéries et bientôt de génomes eucaryotes (GenoAnnot), d'explorer les données issues des bases accessibles par Internet en particulier pour préciser la fonction des protéines grâce à des recherches de similarité entre gènes (GenoLink), enfin de mettre en évidence des corrélations pour recouper les données des différentes bases, cela dans le but de repérer les régularités, les invariants (GenoBool).
Les deux premières versions (décembre 2002, mai 2003) ont été diffusées (sous forme CD-Rom accompagné d'une documentation) à une cinquantaine de laboratoires académiques français. Plusieurs d'entre eux commencent à en tirer des résultats spécifiques intéressants. La diffusion internationale est en préparation et la troisième version de Genostar est prévue pour la fin de l'année.
Contact :
François Rechenmann
(INRIA Rhône-Alpes, projet
HELIX)
Tél : 04 76 61 53 65
Promouvoir le développement de start-up
L'INRIA a été le berceau de la première société française de bio-informatique, Gene IT, créée en 1998. Dans le contexte industriel actuel morose de la bio-informatique, la société continue d'exister et de vendre ses logiciels.
Son premier fonds de commerce a été un logiciel de comparaison de séquences nucléiques et protéiques. Il a été développé par un des fondateurs de l'entreprise, Eric Glémet lors de sa thèse à l'INRIA sous la direction de Jean-Jacques Codani, désormais directeur de Gene IT. L'an dernier, 70 génomes ont pu être comparés grâce aux outils de Gene IT.
Contact :
Jean-Jacques Codani
Tél : 01 41 96 80 30
Une autre start-up prometteuse est en train de voir le jour : eBios, issue des travaux du projet SYMBIOSE (Voir Fiche 1). Le projet de société a été lauréat du concours national de création d'entreprise en 2002 (catégorie émergence) et devrait être en incubation en 2004. Il met à profit des logiciels à destination de l'industrie pharmaceutique pour rechercher des cibles potentielles, par extraction et recherche de motifs.
Contact INRIA :
Jacques Nicolas (INRIA
Rennes / Irisa, projet SYMBIOSE)
Tél : 02 99 84 73 12
Les termes en italique sont définis dans le glossaire
