MODBIO : Modèles informatiques en biologie moléculaire (équipe-projet)

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MODBIO a été arrêté le 01/07/2006

Présentation de l’équipe-projet

Projet du LORIA commun avec le CNRS, les universités Henri Poincaré, Nancy 2 et INPL.

L'objectif de MODBIO est le développement de modèles informatiques pour la biologie moléculaire et cellulaire. Nous nous intéressons à deux types de problèmes :

• déterminer la structure de macromolécules biologiques ;
• découvrir et comprendre la fonction de systèmes biologiques.

Notre approche est basée sur une combinaison de techniques de la programmation par contraintes, de l'optimisation discrète, des systèmes hybrides, et de l'apprentissage statistique.

Axes de recherche

1. Détermination de la structure des macromolécules biologiques

   • Détermination et analyse des enveloppes macromoléculaires

   • Interactions entre ARN et ligands

   • Prédiction de la structure secondaire des protéines globulaires

2. Structures fonctionnelles

   • Motifs fonctionnels intergéniques

   • Analyse expérimentale des interactions ARN/protéine

3. Modélisation de la fonction de systèmes biologiques

   • Modélisation par programmation concurrente avec contraintes hybrides

   • Application à l'épissage alternatif

Relations internationales et industrielles

• Participation au Génopole Strasbourg AlsaceLorraine;

• Participation au projet Bioinformatique du PRST «Intelligence Logicielle» de la région Lorraine;

• Participation à l'ARC INRIA «Calculs de Processus et Biologie des Réseaux Moléculaires»

• Participation au projet européen LISCOS;

• Nombreuses collaborations nationales et internationales:

  • Laboratoire MAEM (Maturation des ARN et Enzymologie Moléculaire), Nancy;

  • Laboratoire de Cristallographie LCM3B, Nancy;

  • Institut des Problèmes Mathématiques en Biologie, Académie des Sciences, Poushchino, Russie;

  • Institut de Biologie et de Chimie des Protéines, Univ. Claude Bernard, Lyon;

  • Université de Californie, Irvine, Etats-Unis.

Responsable scientifique

Eric DOMENJOUD
+33 3 83 59 30 19
Eric.Domenjoud@inria.fr
Secrétariat : +33 3 83 59 30 54